החיפוש אחר דרכים ואמצעים לגילוי האמת הינו עתיק יומין לפחות כמו המין האנושי עצמו. להלן מסע מקוצר בזמן משנת 300 לפני הספירה, שבה נתגלתה לראשונה האנטומיה והשפעת הפסיכולוגיה על הפיזיולוגיה, דרך המצאת שעון למדידת דופק הלב ע"י גלילאו בשנת 1581 ועד לפוליגרף הממוחשב המודרני של ימינו.
הצורך של בני האדם לגלות שקר בגרסתם של בני אדם אחרים הוא לא דבר חדש והחיפוש אחר דרכים ואמצעים לגילוי האמת הינו עתיק יומין לפחות כמו המין האנושי עצמו. לאורך ההיסטוריה נוסו ובוצעו מגוון רב טכניקות לגילוי שקר. חלקן היו אכזריות והתבססו על פחד מעינויים וכאב מתמשך, חלקן מגוחכות וחלקן התבססו על אלמנטים פסיכולוגים ופיזיולוגיים, שהיוו את הבסיס לפוליגרף המודרני של ימינו.
הרבה התפתחויות קרו בתחום של גילוי השקר או האמת עם גילוי האנטומיה וההשפעה של המצב הנפשי על המצב הפיזיולוגי ע"י רופא יווני בשם ארסיסטרטוס בין השנים 300-250 לפני הספירה וקיבלו האצה משמעותית משנת 1538 עת הונחו היסודות של האנטומיה המודרנית ע"י רופא בלגי בשם אנדראה וסליוס. מנקודת זמן זו החלו להתפתח במקביל התפיסה הפסיכו-פיזיולוגית שבבסיס המהות של בדיקת הפוליגרף והמכשור המשולב המאפשר את מדידת השינויים הפיזיולוגיים הנגזרים מהמצב הפסיכולוגי של הנבדק בעת שהוא עונה לשאלות בזמן בדיקת הפוליגרף.
בשנת 1581 גלילאו גליליי המציא מעין שעון למדידת דופק הלב. בשנת 1728 רופא איטלקי בשם ג'ובאני לנסיזי, העלה לראשונה תאוריה לפיה רגשות הן ההסבר הנפשי לשינויים פיזיולוגיים ואילו בשנת 1773 הפיסיולוג האנגלי סטפן היילס גילה את המושג לחץ דם וביצע את בדיקת לחץ הדם הראשונה ע"י החדרת צינור מתכתי לעורק של סוס, ומדידה במבחנת זכוכית של עוצמת שאיבת הדם. לואיג'י גלווני, רופא ופרופסור לאנטומיה באוניברסיטת בולוניה שבאיטליה, גילה את תפקיד החשמל בפעילות מערכת העצבים והשרירים בשנת 1791. בשנת 1820 המציא הפיזיקאי הצרפתי, אנדרה אמפר, מכשיר למדידת זרם חשמלי וקרא לו בשם גלוונומטר על שמו של לואיג'י גלווני.
הנסיון המדעי הראשון לפיתוח מכשיר דיאגנוסטי לגילוי שקר החל בשנת 1875 כאשר הפיזיולוג הצרפתי, אנג'לו מוסו, החל בחקר השפעת הפחד, שנחשב לאלמנט חיוני בשקר ובהולכת שולל, על המערכת הקרדיו-וסקולרית (הלב וכלי הדם) והנשימה. מוסו היה מעוניין במיוחד למדוד שינויים בזרימת הדם בגוף ובשנת 1890 פיתח מכשיר מכני שנודע בשם "עריסה מדעית של מוסו". התיאוריה של מוסו היתה, כי בזמן סטרס אמוציונלי, כמו למשל פחד להיתפס בשקר, תגרום לדם לזרום מהר יותר לראש ואז יגרמו לשינויי משקל קלים שיזיזו את העריסה. בשלב זה מוסו ניתח את הקווים שנוצרו כתוצאה מתנועת העריסה על מנת לקבוע את רמת אמינותו של הנבדק. אין שום עדות שמוסו אכן ניסה את התאוריה שלו במציאות.
בשנת 1879, מומחה צרפתי לריפוי בחשמל בשם גבריאל ויגורוקס, היה הראשון לגלות את התופעה של התגובה החשמלית העורית בגוף האדם, לפיה נוצרים בעור שינויים בלתי נשלטים של התנגדות חשמלית כתוצאה מסטימולציה חיצונית.
ב- 1895 רופא איטלקי בשם סיזר לומברוסו, שהיה גם פסיכיאטר ומחלוצי הקרימינולוגיה, היה הראשון לנסות מכשור מדויק ורגיש יותר למדידת שינויים בלחץ דם כתוצאה משינויים אמוציונליים ועל ידי כך לגלות שקר והולכת שולל אצל חשודים פליליים. התוצאות היו מדוייקות והוא קרא למכשיר בשם הידרו-ספיגמוגרף. באותה שנה הוא פרסם מסמך שנקרא "האיש הקרימינלי", שם הוא מתאר את השימוש שלו בפלסמוגרף וספיגמומנומטר (מד לחץ דם) בזמן חקירה של חשודים פליליים. בשנת 1902, בפעם הראשונה בהיסטוריה של בתי המשפט, המכשיר המכני עזר להוכיח את חפותו של אדם שנאשם בפשע.
בשנת 1897 הפסיכולוג הרולד סטיקר היה האיש הראשון שהציע להשתמש בגלוונומטר לצורך גילוי של שקר והולכת שולל. סטיקר חקר את הקשר בין ההפרשה של בלוטת הזיעה לסטרס פסיכולוגי והאמין ששינויים במוליכות החשמלית של העור נגרמת על ידי ההזעה והם ניתנים למדידה.
הוגו מונסטרברג, פרופסור למשפטים אוניברסיטת הרווארד, הציע בשנת 1909 בספרו שהפעילות הפסיכולוגית של עדים בבית המשפט תימדד בזמן עדותם כדי להבטיח שהם אומרים את האמת.
פסיכולוג איטלקי בשם ויטוריו בנוסי, הכריז במחקרו בשנת 1914, כי שקרנים נבגדים על ידי נשימתם. בנוסי מדד את אורך הזמן שנדרש לאדם להשלים 2 חלקים נפרדים של נשימה אחת: שאיפה פנימה ונשיפה החוצה. המחקר המדוייק שלו הוכיח, כי בתנאים רגילים היחס הוא בערך 3 יחידות שאיפה לכל 5 יחידות נשיפה (3:5) ואילו כשאדם משקר היחס הוא 2 יחידות שאיפה לכל 6 יחידות נשיפה (2:6). המשמעות היא, שכשאדם משקר ומוליך שולל זמן השאיפה מואץ אולם זמן הנשיפה מתארך.
בשנת 1917 פורסם מחקר על ידי סטודנט לרפואה בשם וויליאם מרסטון, ששימש גם כשוטר במשטרת ברקלי שבקליפורניה. המחקר בדק שונות במדידות בלחץ הדם הסיסטולי כדי לאתר שקר והולכת שולל ובזמן מלחמת העולם הראשונה ביצע מחקר עבור הצבא האמריקאי שנגע למדידה של מוליכות החשמל בגוף דרך הזיעה על מנת לגלות שקר.
באותן שנים רופא סקוטי, ג'יימס מקנזי פיתח מכשיר פוליגרף עם דיו, שיכול לתעד באופן מתמשך שינויים פיזיולוגיים מורכבים דופק עורקי ודופק ורידי. ההנחה היתה ששימוש במכשיר שכזה לצורך גילוי אמת או שקר יאפשר מדידה ותיעוד של שינויים פיזיולוגיים לשאלות פציפיות, שיוכלו להישמר לצורך ניתוח הנתונים.
ב-1921 בעידודו של מפקד משטרת ברקלי, אוגוסט וולמר, הבלש והפיסיולוג דר' ג'ון לארסון שילב את פוליגרף הדיו של מקנזי עם תיעוד וניטר את השינויים עליהם דיברו בנוסי ומרסטון. לארסון בנה את "פוליגרף 2 העטים", והיה הראשון שמדד סימולטנית נשימה ושינויים מתמשכים של המערכת הקרדיו-וסקולרית. לארסון היה למעשה הראשון במערכת לאכיפת חוק שביצע בדיקות פוליגרף לחשודים פליליים על מנת להעריך האם הם אומרים אמת או שקר.
בשנת 1926 עוזרו של לארסון במשטרת ברקלי, הפסיכולוג והקרימינולוג לאונרד קילר, פיתח 2 שיפורים משמעותיים בפוליגרף של לארסון. הוא הצליח להקטין את המכשיר ע"י המצאת מפוחי מתכת ששיפרו את התיעוד של השינויים בדפוסים של לחץ הדם, הדופק והנשימה והכנסת קימוגרף (מד לחץ נוזלים), שאיפשר הכנסת נייר גרפים שינוע ועליו רשמו בדיו עטים שנעו בקצב קבוע. קילר, שביצע בעצמו כ-30,000 בדיקות פוליגרף, נודע בשם "אבי הפוליגרף המודרני" והיה האיש הראשון שהציע שירותי פוליגרף אזרחיים והראשון שייצר את המכשיר למכירה, רשם עליו פטנט בשנת 1931 ואף הקים בית הספר הראשון בעולם לפוליגרף בשיקגו בשנת 1948.
בשנת 1936 ראש המחלקה לפסיכולוגיה באוניברסיטת פורדהאם, וולטר סאמרס, הוסיף למכשיר הפוליגרף את האפשרות למדידה של המוליכות החשמלית של העור (GSR), שהביא לתוצאות מדוייקות ביותר ואף עשה בזה שימוש במשפט על שוד בבית משפט בשנת 1938, והפך לראשון שבית המשפט קיבל את ממצאיו כראיה. באותה שנה לאונרד קילר שיתף פעולה עם חוקר בשם צ'ארלס ווילסון בצירוף ה-GSR כמרכיב שלישי במכשיר הפוליגרף העובד סימולטנית עם שאר המרכיבים לזיהוי שינויים פיזיולוגיים בנבדק.
מכשיר הפוליגרף המשיך בהתפתחותו הטכנולוגית וכיום הוא ממוחשב לחלוטין, אולם הוא ממשיך לעבוד על אותם שלושת מרכיבים שנקבעו בשנת 1938 שהפכה לשנה שבה הוחל לשים דגש גדול גם על פיתוח טכניקות בדיקה יעילות, שרמת תקפותן ומהימנותן הגבוהה נבדקה והוכחה בניסויים מדעיים. האבות המייסדים בתחום טכניקות הבדיקה המדעיות היו ג'ון ריד ופראנקו אינבאו ששיכללו את שיטת שאלות הבקרה, קליב בקסטר שהרחיב את רעיון שאלות הבקרה גם לשאלות ניטרליות, שאלות רלבנטיות ושאלות סימפטומטיות, ושותפו ריצ'ארד ארת'ר שפיתח טכניקות בדיקה מדעיות נודעות אך היה גם בודק הפוליגרף הראשון שתיעד 2 פרמטרים של נשימות כפי שנעשה כיום: נשימה סרעפתית ונשימה מבית החזה.