משך הבדיקה אינו אחיד ולכל מקרה יש את המורכבות והנסיבות שלו. הכנה ושיחה מקדימה בין הבודק והנבדק אורכת כחצי שעה, ולאחריה הבדיקה עם מכשיר הפוליגרף אורכת כשעה.
ילדים מתחת לגיל 12 אינם מתאימים עבור ביצוע בדיקות פוליגרף משיקולי איכות ואמינות. בגילאים 12-18 נדרשת הסכמה בכתב של ההורים או האפוטרופוס.
לא נהוג לבדוק בפוליגרף נשים בהריון. אמנם הבדיקה אינה מסוכנת ואינה מזיקה מבחינה פיזיולוגית, לא לאם ולא לעוברה, אולם ההתרגשות המלווה את הבדיקה מיותרת בתקופת ההיריון. יש להמתין ולבצע את בדיקת הפוליגרף, באם היא נחוצה, לאחר סיום ההיריון.
כל מקרה לגופו. במרבית המקרים אין למחלה כל השפעה על בדיקת הפוליגרף ולהיפך. במקרים מסויימים יידרשו נבדקים בעלי מחלות נפש להביא אישור בכתב מרופא פסיכיאטר מטפל ולעיתים בודק הפוליגרף יתייעץ עם הפסיכיאטר המטפל לגבי כשירות הנבדק לבדיקת הפוליגרף. לא ניתן לבצע בדיקת פוליגרף בחולים פסיכופטים וסוציופטים.
לא. לעיתים יש לאנשים מסויימים תחושת אי נוחות בשל השרוול של מד לחץ הדם.
מחקרים שונים מצביעים על אחוז דיוק הנע בין 95% ל- 98% של בדיקת הפוליגרף. הפוליגרף הוא המכשיר היעיל ביותר והשכיח ביותר לגילוי שקר וכאשר הבדיקה מבוצעת בצורה נכונה ומקצועית תוצאותיה הן בעלות מהימנות גבוהה מאוד.
מכשיר הפוליגרף רושם שינויים בלחץ הדם, הדופק, עוצמת הדופק, נפח וקצב נשימה ומוליכות חשמלית של העור. צפוי שהנבדקים כולם, דוברי האמת והשקר כאחד יהיו נרגשים , חרדים, דואגים וחוששים מבדיקת הפוליגרף עצמה ומתוצאותיה. לו מומחה הפוליגרף היה קובע את ממצאי הבדיקה על סמך התרגשות הנבדק, קרוב לוודאי שהיה קובע כי כולם (כמעט) דוברי שקר. טכניקת בדיקת הפוליגרף מנקזת את ההתרגשות לאפיקים שלא יפריעו או יעוותו את תוצאות הבדיקה, כך שנבדק דובר אמת יתברר כדובר אמת ונבדק משקר יאובחן כדובר שקר.
בשיחה המקדימה לבדיקה ישאל הנבדק באם הוא משתמש בתרופות. מחובתו של הנבדק לדווח באם הוא משתמש בתרופה כלשהי באופן קבוע או באופן חד פעמי ומתי נטל את התרופה. מומחה הפוליגרף אמור לדעת באם התרופה עלולה להשפיע על ממצאי הבדיקה והוא זה שיחליט האם לבצע את הבדיקה. גם אם הנבדק לא דיווח, במהלך הבדיקה יכול בודק הפוליגרף לאבחן באם הנבדק נטל תרופות או סמים המשפיעים על תוצאות הבדיקה. ממצאים אלה יכולים להעיד על כך, שהנבדק ניסה לשבש במכוון את הבדיקה ותוצאותיה על כל המשמעויות הנגזרות מכך.
לא ניתן לכפות ביצוע בדיקת פוליגרף על אדם והיא תיערך אך ורק לאחר קבלת הסכמה מפורשת ובכתב של הנבדק שהוא מוכן להיבדק מרצונו החופשי והמלא.
במהלך בדיקת הפוליגרף לא תותר נוכחות של אדם נוסף מלבד הבודק העורך את בדיקת הפוליגרף והנבדק. במקרים מיוחדים בהם יתעורר צורך במתורגמן תותר נוכחותו של המתורגמן שיהיה תחת פיקוח של בודק הפוליגרף.
בבית משפט אזרחי כפופים כללי קבילות בדיקת הפוליגרף להסכמת הצדדים ועל כן בהסכמת בעלי הדין רשאי בית המשפט לקבל כראייה את תוצאות בדיקת הפוליגרף. במשפט הפלילי אין בדיקת הפוליגרף קבילה, אך בהליך הפלילי כשמדובר בדיונים בעניין החלטות ביניים כמו בקשות למעצרו של חשוד או נאשם או בקשתו של עציר להשתחרר בערבות, מקובל לראות בפוליגרף מכשיר היכול לסייע להגיע להחלטה.